Die Evangelische Kirche in Westfalen ist presbyterial-synodal verfasst. "Presbyterial-synodal" bedeutet, dass sich die Kirche von unten, von der Gemeinde her aufbaut. Die Kirchengemeinden sind in Kirchenkreisen zusammengeschlossen und in der Landeskirche miteinander verbunden. Die Leitung liegt auf allen Ebenen bei den jeweils gewählten Mitgliedern der Leitungsgremien und geschieht grundsätzlich in Gemeinschaft.

In den Gemeinden sind es die Presbyterien, im Kirchenkreis ist es die Synode und als Gremium der Kreissynodalvorstand, die die Geschäfte im Kirchenkreis leiten.

Im Haus der Kirche arbeitet die Verwaltung, ihr steht der Verwaltungsleiter mit dem Verwaltungsausschuss vor.